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第一章 总论1

第一节 种质资源研究现状1

一、形态学1

二、细胞遗传学2

三、生化遗传学2

四、分子种群遗传学3

五、功能基因4

六、组学5

第二节 遗传改良研究5

一、杂交育种5

二、选择育种7

三、分子标记辅助育种7

四、雌核发育育种7

五、多倍体育种8

第三节 种质资源保护存在的问题及保护策略9

一、种质资源保护存在的问题9

二、种质资源保护策略9

第二章 团头鲂种质资源11

第一节 团头鲂形态学特征11

一、梁子湖团头鲂雌雄生长特征11

二、梁子湖、鄱阳湖和淤泥湖团头鲂的形态学比较15

三、团头鲂形态性状对体重的影响效果分析24

第二节 群体遗传结构29

一、线粒体基因组29

二、微卫星标记40

三、相关序列扩增多态性46

第三章 团头鲂分子标记的开发与应用50

第一节 微卫星分子标记的开发50

一、群体构建及测序分析51

二、微卫星分布特征及EST-SSR标记的开发53

三、微卫星多重PCR体系的构建54

第二节 SNP标记的开发56

一、基于转录组测序的SNP标记开发56

二、基于简化基因组测序的SNP标记开发58

第三节 基于微卫星标记的亲子鉴定59

一、家系构建及亲子鉴定方法59

二、亲子鉴定结果与分析61

第四章 团头鲂经济性状的遗传参数评估65

第一节 团头鲂经济性状的遗传力评估65

一、生长性状65

二、抗病性状69

第二节 生长性状的育种值评估73

一、个体单个性状的育种值估算74

二、个体综合育种值75

第三节 亲本对子代生长快和生长慢群体的贡献及优良亲本选择75

一、生长快和生长慢群体的生长表型76

二、亲子鉴定分析76

三、亲本对生长快和生长慢群体的贡献分析77

四、有效群体数量79

五、亲本育种值分析79

第四节 不同地理群体间杂交优势和配合力分析81

一、6月龄生长性状82

二、20月龄生长性状87

第五章 团头鲂性状关联分子标记的筛选93

第一节 生长性状相关的分子标记93

一、生长性状关联微卫星标记筛选94

二、生长性状的QTL定位98

第二节 抗病性状相关的分子标记101

一、MHC IIa基因序列的测定与SNP分析102

二、转铁蛋白Tf及其受体TfRl-a基因SNP开发、鉴定及抗病关联分析104

三、NLRC3-like基因的SNP开发、鉴定及抗病关联分析106

第三节 耐低氧性状相关的分子标记108

一、基于转录组的低氧相关SNPs的开发109

二、fih-1基因耐低氧性状SNPs的开发111

第六章 团头鲂新品种华海1号的选育113

第一节 华海1号的选育过程113

第二节 华海1号的遗传进展及稳定性分析114

一、遗传进展分析114

二、染色体遗传稳定性115

三、群体遗传一致性115

第三节 华海1号的养殖性能分析118

一、历年对比试验结果118

二、历年生产性能对比试验结果120

第七章 团头鲂三倍体和雌核发育的诱导及鉴定122

第一节 三倍体的诱导及鉴定122

一、诱导方法122

二、倍性的鉴定123

第二节 团头鲂雌核发育的诱导及形态特征的分析128

一、诱导方法129

二、诱导结果及鉴定分析129

第三节 雌核发育群体的微卫星分析135

一、微卫星对雌核发育子代的鉴定135

二、雌核发育后代纯合性的评价137

三、团头鲂正常群体和雌核发育群体微卫星位点的遗传多样性分析139

第八章 团头鲂全基因组测序及比较研究141

第一节 团头鲂全基因组测序与进化分析141

一、团头鲂全基因组测序141

二、团头鲂全基因组进化分析147

第二节 高密度遗传连锁图谱的构建150

一、群体的建立及遗传连锁图谱构建的方法150

二、RAD测序数据分析151

三、SNP分子标记发掘与基因分型151

四、高密度遗传连锁图谱的构建152

第三节 不同食性鱼类内源性消化系统的比较基因组学研究155

一、内源性消化酶基因家族分析156

二、嗅觉基因家族分析156

三、味觉受体基因家族结果分析159

第九章 团头鲂功能基因组的研究165

第一节 生长性状相关的组学分析165

一、生长性状相关的转录组分析165

二、生长性状相关的小RNA组分析169

第二节 抗病性状相关的转录组分析178

一、细菌感染后团头鲂肝脏的转录组学研究178

二、细菌感染后团头鲂肝脏、脾脏、肾脏混合组织转录组学研究183

三、细菌感染后团头鲂肝脏小RNA组学研究187

第三节 耐低氧性状相关的转录组分析199

第四节 肌间骨性状相关的组学分析211

一、不同组织转录组分析211

二、不同组织miRNA组分析222

第十章 团头鲂性状相关基因的结构和功能分析229

第一节 生长相关基因229

一、生长相关基因的克隆229

二、生长相关基因对其生长发育的表达调控230

第二节 免疫相关基因238

一、Toll样受体基因238

二、热激蛋白基因247

三、MHC II基因252

四、干扰素调节因子255

五、白细胞介素6的表达及其启动子活性分析259

六、补体系统基因263

七、铁代谢相关基因268

第三节 耐低氧相关基因281

一、低氧感受基因——phd和fih282

二、低氧响应基因——Hif-α家族289

第四节 其他相关基因290

一、ghrelin、NPY和CCK基因290

二、团头鲂MRF家族基因的序列特征和功能分析295

三、Dmrt家族基因298

主要参考文献306